Целью защиты природоохранной территории является охрана в соответствии с предписаниями, сохранение и представление древней долины в среднем течении реки Ахья, ее дополнительных долин, обнажений песчаника на склонах долины, родников, пещер, окружающих древнюю долину культурных и природных ландшафтов, а также защита находящихся под угрозой редких и охраняемых видов и мест их обитания.

Типы местообитаний

• реки и ручьи (3260)3,
• пойменные луга (6450),
• богатые видами луга на бедной известью почве (6270*),
• родники и ключевые болота (7160),
• обнажения песчаника (8220)
• девственные леса (9010*);
• Охраняемые виды
• овальная перловица (Unio crassus),
• обыкновенная щиповка (Cobitis taenia),
• обыкновенный подкаменщик (Cottus gobio),
• дедка рогатый (Ophiogomphus cecilia)
• выдра (Lutra lutra);
• саркосома шаровидная (Sarcosoma globosum),
• реброплодник австрийский (Pleurospermum austriacum),
• крестообразник голый (Crusiata glabra),
• зимородок (Alcedo atthis)

Основой для планирования работ и мероприятий является документ по развитию природоохранной территории – программа организации порядка охраны ландшафтного заповедника древней долины реки Ахья, заказника Эосте и частично заказника реки Ахья.

Природоохранная территория разделена на две зоны целенаправленной защиты и две зоны с ограниченным режимом природопользования.

Режим зоны целенаправленной защиты необходим для обеспечения естественного развития местообитаний охраняемых видов и лесных сообществ, а также сохранения полуестественных сообществ. Перечень разрешенных и запрещенных действий в зонах с ограниченным режимом природопользования можно найти в предписании об охране.

Целью охраны зоны (388,9 га) целенаправленной защиты реки Ахья является обеспечение развития старого девственного леса только как естественного процесса, сохранение выходов коренных пород, форм рельефа и родников, сохранение полуестественных сообществ и защита местообитаний охраняемых видов.

Целью охраны зоны (44,3 га) целенаправленной защиты Таэваскода является сохранение облика леса, выходов коренных пород и форм рельефа, родников и полуестественных сообществ, а также защита местообитаний охраняемых видов.

Целью охраны зоны (613,2 га) с ограниченным режимом природопользования реки Ахья являются сохранение биоразнообразия, облика и элементов ландшафта, луговых сообществ и защита местообитаний видов.

Целью охраны зоны (69,1 га) с ограниченным режимом природопользования Валгеметса является сохранение облика ландшафта.

Предписанием об охране разрешены

• пребывание на природоохранной территории, охота, рыбалка, сбор ягод, грибов и других даров леса на всей охранной территории,
• езда на транспортном средстве или мотовездеходе по предусмотренным для этого дорогам. Езда на транспортном средстве или мотовездеходе за пределами дорог разрешается только при надзорных и спасательных работах, при работах, разрешенных предписанием об охране, при работах, связанных с организацией и управлением охраной природоохранной территории, в рамках научной деятельности с согласия управляющего охранной территорией и при обслуживании коммуникационных сооружений в зоне с ограниченным режимом природопользования, при лесозаготовках или сельскохозяйственных работах, а также на территории дворового угодья.
• Установка палаток и разведение костра разрешены только в подготовленных для этого местах, которые были согласованы с управляющим природоохранной территорией и обозначены. Установка палаток и разведение костра на территории дворового угодья разрешены с согласия владельца.
• В неподготовленных местах природоохранной территории разрешены массовые мероприятия с участием до 50 человек. Проведение массовых мероприятий с участием более 50 человек в неподготовленных для этого местах допускается только с согласия управляющего природоохранной территорией.
• Обслуживание имеющихся строений (включая дороги, мосты и линии электропередачи).

На природоохранной территории запрещены

• катание на плавсредстве с двигателем внутреннего сгорания, за исключением: надзорных, научных и спасательных работ, деятельности, связанной с управлением и организацией охраны, и запрудного озера Саэсааре, где с 15 июня по 30 сентября разрешается катание на плавсредстве с двигателем до 15 лошадиных сил, со скоростью до 7 км/час.

Без согласия управляющего природоохранной территорией на природоохранной территории запрещается:

• менять границы и целевое назначение угодий кадастровой единицы;
• составлять землеустроительные программы и проводить землеустроительные действия;
• устанавливать детальную и общую планировки;
• давать согласие на возведение малого строения, в том числе строительство причала;
• предоставлять условия проектирования;
• выдавать разрешение на строительство;
• создавать новый водоем площадью более 5 квадратных метров, если для этого не нужно выдавать разрешение на специальное водопользование, разрешение на строительство или согласие на возведение малых строений;
• прикармливать дичь.