Предшественник Национального парка Государственный заповедник Матсалу был создан в 1957 году для охраны гнездящихся, линяющих и мигрирующих птиц. В 1976 году Матсалу был внесен в перечень водно-болотных угодий международного значения, т.е. в Рамсарский перечень. Рамсарская конвенция отмечает такие заповедники, в которых водно-болотные угодья сохранились, и их использование является стабильным и устойчивым.
В 2004 году природный заповедник Матсалу был переименован в Национальный парк Матсалу.
Кроме птиц, в Национальном парке Матсалу под охраной также находятся характерные для Западной Эстонии природные ландшафты и культурное наследие Вяйнамери.
Национальный парк Матсалу награжден дипломом Совета Европы, который подтверждает биологическое, геологическое и ландшафтное разнообразие Матсалу. В 2015 году EUROPARC выдала национальному парку Матсалу сертификат экотуризма.
