Esimene Otepää kirik (rajatud 1224), mis oli pühendatud pühale Eliisabetile, asus linnamäe jalamil. Seoses lahkhelidega kiriku kasutamisel eestlaste ja sakslaste vahel ehitati eestlastele uus ja suurem püha Maria kirik, mis paiknes arvatavasti praeguse kiriku asupaigal. Esimene eesti soost õpetaja oli Otepääl Jakob Hurt, kes töötas siin aastatel 1872–1880. 1884. aastal pühitseti Otepää kirikus sinimustvalge lipp Eesti Üliõpilaste Seltsi lipuna. Hiljem kujunes sellest rahvus- ja riigilipp. Kiriku juures asub Eesti Vabadussõjas langenute mälestussammas.